A proposta de trabalho de hanseníase do SEFRAS se pauta pelo combate e eliminação da doença no Brasil, dentro de uma perspectiva franciscana de solidariedade e o compromisso com os menos favorecidos, por meio da acolhida, escuta, cuidado, defesa e apoio social às famílias pobres acometidas pela hanseníase. De conscientização e promoção dos direitos humanos e da luta por políticas públicas de saúde voltadas para esta população.